المجلس هو السلطة العليا للمركز، يتولى الإشراف عليه ويصرف أموره، وله 
-  في حدود أحكام التنظيم- اتخاذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أهدافه, وله على وجه الخصوص ما يأتي:
1- إقرار السياسات العامة للمركز وخطة العمل والبرامج التي يسير عليها لتحقيق أغراضه، ومتابعة تنفيذ ذلك.
2- إقرار المقابل المالي للخدمات التي يقدمها المركز.
3- إقرار الهيكل التنظيمي للمركز، وفقاً للإجراءات النظامية المتبعة. 
4- اعتماد لوائح المركز الإدارية والمالية - بالاتفاق مع وزارة المالية - وغيرها من اللوائح الداخلية اللازمة لتسيير شؤون المركز.
5- الموافقة على إنشاء فروع ومكاتب للمركز. 
6- النظر في التقارير الدورية التي يرفعها الرئيس التنفيذي عن سير عمل المركز.
7- الموافقة على مشروع ميزانية المركز، وحسابه الختامي، وتقرير مراجع الحسابات، والتقرير السنوي، تمهيدًا لرفعها بحسب الإجراءات النظامية المتبعة.
8-  قبول المنح والتبرعات والهبات والوصايا والأوقاف، وفقاً للأنظمة. 
9- تعيين مراجع حسابات خارجي (أو أكثر)، ومراقب مالي داخلي.
10- تشكيل اللجان، وتخويلها ما يراه من الصلاحيات لإنجاز المهمات التي تكلف بها. 
11- الموافقة على تعيين نواب للرئيس التنفيذي. 
12- تقييم أداء الإدارة التنفيذية، ومتابعته، واتخاذ الإجراءات التصحيحية اللازمة إذا تطلب الأمر ذلك.
 وللمجلس تفويض رئيسه أو من يراه من أعضائه أو الرئيس التنفيذي ببعض صلاحياته.